Organisme politique de concertation, la CTJ réunit la Région, la Préfecture et les Départements de Franche-Comté ainsi que les cantons de Berne, Vaud, Neuchâtel et Jura. Ses activités couvrent de nombreux domaines d’actions en lien avec les compétences des partenaires représentés. Ses priorités concernent la formation, le développement économique et la mobilité. A titre d’exemple peuvent être mentionnés les actions suivantes :l'observatoire statistique de l'arc jurassien, la conduite d’un projet sur la gestion intégrée des Pâturages boisés, la mise en réseau des services de la formation et de l’orientation professionnelle suisse et français, la 8ème édition du raid sportif Ecrin vert.